Возмещение НДС из бюджета

Здравствуйте! Пишу диплом на тему лизингу. И в ходе сравнения этого способа с другими - возник вопрос с НДС.

Если мы купим автомобиль за Х руб., в т.ч. Y руб. - НДС.
В книгах читала, что вся сумма НДС, т.е. Y руб. - подлежит возмещению из бюджета. Наверное глупый вопрос, но исходя из чего именно эта сумма?

В НК РФ:
ст. 176. В случае, если по итогам налогового периода сумма налоговых вычетов превышает общую сумму налога, исчисленную по операциям, признаваемым объектом налогообложения в соответствии с подпунктами 1 - 3 пункта 1 статьи 146 настоящего Кодекса, полученная разница подлежит возмещению (зачету, возврату) налогоплательщику в соответствии с положениями настоящей статьи.

В балансе авто будет учитываться по стоимости (Х-У) руб.

Заранее благодарю, если разъясните этот вопрос подробнее.

Давайте отделим мух от котлет.
Строго говоря есть стоимость авто, а есть НДС.
Сответственно, есть сумма покупок компании (в т.ч. лизинговые платежи, хотя и здесь зависит от того, на чьем балансе авто), есть суммы налога НДС уплачиваемые компанией при покупке чеголибо.
Если Эти суммы за отчетный период превысили сумму налога переведенного другими компаниями на счет компании, то нужно возмещать. Нет, доплачиваем разницу.